ولما قُتل عمر رضي الله عنه قتله أبو لؤلؤة المجوسي غدرًا وهو يصلي بالمسلمين صلاة الفجر، ولما أحس بالوفاة وقيل له: «أوصي يا أمير المؤمنين»، عهد إلى ستة من بقية العشرة المبشرين بالجنة، عهد إليهم أن يختاروا خليفة من بعده للمسلمين، وهم: عثمان، وعلي، وطلحة، والزبير، وسعد بن أبي وقاص وعبد الرحمن بن عوف رضي الله عنهم، فتشاور هؤلاء الستة فيما بينهم فيمن يتولى منهم الخلافة، فوقع اختيارهم على عثمان رضي الله عنه؛ لأنه أفضلهم، فبايعوه بالخلافة، وتتابع المسلمون بعدهم على مبايعته رضي الله عنه، فكانت خلافته بإجماع من أصحاب الشورى الستة، وبمبايعة بقية الأمة له، من أهل الحل والعقد الذين بايعوه رضي الله عنه، فتمت بيعته وصار الخليفة الثالث للمسلمين، وسار على سيرة من سبقه من الصحابة.

ومن فضائله رضي الله عنه: أنه جمع المسلمين على مصحف واحد يُسمى بالمصحف العثماني، وذلك أن الصحابة تفرقوا في الأمصار، وكل واحد معه مصحف خاص به وكانوا مختلفين في القراءات، كل يقرأ بما روى عن رسول الله صلى الله عليه وسلم، فبينهم اختلاف في القراءات، فعند ذلك أدرك حذيفة بن اليمان رضي الله عنه هذا الاختلاف في قراءة القرآن بين الصحابة، وهذا الاختلاف في المصاحف التي معهم، فخشي على الأمة أن تختلف في القرآن، فجاء إلى عثمان رضي الله عنه وقال له: «أدرك الأمة قبل أن يختلفوا اختلاف اليهود والنصارى»، فجمعهم عثمان رضي الله عنه على مصحف واحد يوافق العرضة الأخيرة التي عرضها النبي صلى الله عليه وسلم على جبريل، والتي هي على لغة قريش التي نزل القرآن بها، فأمر زيد بن ثابت وجماعة معه من الثقات من صحابة رسول الله صلى الله عليه وسلم فكتبوا المصحف العثماني على الرسم الموجود الآن،